Әлихан Нұрмұхамедұлы Бөкейхан 1866 жылы 25 наурызда Семей облысы Қарқаралы уезі Тоқырауын болысының 7-ші ауылында (Қарағанды облысы, Ақтоғай ауданына қарасты Қаратал ауылы Sputnik Қазақстан) дүниеге келген. Ата тегі Шыңғыс ханның үлкен ұлы Жошыдан тарайтын төре тұқымы. Арғы атасы атақты Сұлтан Барақ. Қазақтың соңғы хандарының бірі Бөкей осы Сұлтан Барақтың баласы. Бөкейден Батыр, одан Мырзатай, одан Әлиханның әкесі Нұрмұхамед туады.
Әлихан жасынан зерек, алғыр болып өскен. Әкесі оны Қарқаралыға алып барып, жергілікті молданың оқуына берді. Бірақ кішкентай Әлихан молданың оқуына қанағаттанбай, қаладағы үш сыныпты бастауыш мектепке өз қалауымен ауысады. Оны бітіргеннен кейін Қарқаралы қаласының қазақ балаларына арналған метепте жеті жыл оқыған.
1886 жылы Омбыдағы 4 жылдық техникалық училищеде, одан кейін Санкт- Петербург қаласындағы Орман институтының экономика факультетіндебілім алды. Дәл сол студенттік шақта сан алуан қозғалыстарға белсенді түрде араласқаннан кейін жандармерияның назарына ілікті, «саяси сенімсіздердің» қара тізіміне енді
Әлихан Бөкейхан Санкт-Петербург университетінің заң факультетіне төтенше емтихан тапсырып, заңгер дипломына да алып шыққан. Ал оқудан кейін Омбы қаласына қайта оралып, орман шаруашылығы училищесінде математика пәнінен оқытушы болып жұмыс істейді. Сол кезде «Степной край» газетінің редакция алқасына кіреді. Орыстың императорлық жағрафия қоғамының Батыс-Сібір бөлімінің қызметіне қызу араласады. Осы бөлімнің басқару комитетіне де мүше болады.