Шыңғысхан әскери-ұйымдастыру принципін мемлекеттік құрылыстың негізі етіп алды. Елдің бүкіл жері мен халқы оң қанат (барунғар), сол қанат (жоңғар), және орталық (гол) атты үш әскери әкімшілік округте он мың адамнан тұратын бірнеше түмгелер (түмендер) болды. Олар өз кезегінде «мыңдық», «жүздік», «ондықтан» құрылды.
Өте қатал тәртібі, мұқият құрылымы бар әскер басында моңғолдардың феодалдық жоғарғы тобының өкілдері-нойондар, багадурлер, мергендер, сечендер тұрды. 1207–1208 жылдардың қысында Шыңғысханның үлкен баласы Жошы Енесей қырғыздарын және Сібірдің оңтүстігіндегі басқа да «орман халықтарын» бағындырды. 1208–1209 жылдары Шыңғысхан әскерлері тұтқиылдан шабуыл жасап, таңғұттық Си Ся мемлекетін күйретті. Шыңғыстың қаһарынан сескенген қазіргі Шығыс Түркістан аймағындағы ұйғырлар моңғолдарға өз еркімен бағынды. Олардың ел басшысы Баршық өзін Шыңғысханның боданымын деп мойындаған. 1211 жылы Шыңғысханның қолы Солтүстік Қытайға бет алды, 1215 жылы олар сол кездегі Цзинь мемлекетінің астанасы болған Чжундуды (Пекинді) бағындырды.
